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サン・トロン基地にて新たな作戦準備をしていた、第501統合戦闘航空団通称「ストライクウィッチーズ」のメンバー達だったが、ある日、宮藤が不思議なドアを発見した。
そのドアを開けたら、なんと、502部隊の「ブレイクウィッチーズ」のメンバーの所属している基地と繋がっていた！？
その後どんどん、おかしなドアが発見され、覗くと、赤ズボン隊・アフリカの星のそれぞれの基地になっていた。
この現象に、各隊長人たちが、集まり原因究明をしだすが、大きなネウロイ群れが出現。
原因究明より先にネウロイを倒すことになるが…、果たして、原因は何でしょうか？
普段は見れない部隊を超えたメンバー同士のやり取りに注目！